مع بدء حرب الإبادة على القطاع، نزح إلى المستشفى أربعة آلاف مواطن من مناطق حي الزيتون والشجاعية وشرق غزة عموماً، في أعقاب إصدار جيش الاحتلال تعليمات إلى سكان هذه المناطق بالنزوح القسري[4].
في 14 تشرين الأول/أكتوبر 2023: استهدفت قوات الاحتلال مبنى العيادات الخارجية ومركز تشخيص السرطان بصاروخين عقب تلقيهم تهديداً من قبل قوات الاحتلال بالإخلاء[5].
في 15 تشرين الأول/أكتوبر 2023: تلقت إدارة المستشفى اتصالاً ثانياً من جيش الاحتلال لإخلائه والتوقف عن العمل فيه، وبذلت إدارة المستشفى العديد من الجهود لثني الاحتلال عن قصفه وحصلت على تطمينات من السفارة الأميركية ومن المطران والصليب الأحمر[5].
في 17 تشرين الأول/أكتوبر 2023: استهدف الاحتلال المستشفى الأهلي العربي، وأشارت التقديرات الأولية إلى استشهاد 500 شخص بالإضافة إلى أكثر من 600 إصابة[4]. وكان هذا الحادث هو الأكثر دموية في غزة منذ بدء الإبادة الجماعية[6]. وقد أكدت شهادات الطاقم الطبي في حينها استخدام نوع خاص من القنابل تسبب بإصابات غير مسبوقة، بالإضافة إلى وجود أشلاء وجثث الأطفال والشهداء فوق أبنية المستشفى[5]. قامت الطواقم الطبية بنقل معظم جرحى الاستهداف إلى مستشفى الشفاء في مدينة غزة[6].
في 15 تشرين الثاني/نوفمبر 2023: كان المستشفى الأهلي العربي هو المستشفى الوحيد الذي يزاول عمله في مناطق شمال غزة في ظل عمليات الاجتياح البري في حينها، وبحسب شهادة الدكتور غسان أبو ستة أصبح المستشفى محطة إسعاف أولية[7].
في 16 تشرين الثاني/نوفمبر 2023: ذكرت جمعية الهلال الأحمر الفلسطيني أن القوات الإسرائيلية، بما في ذلك الدبابات، شنت حصاراً على المستشفى الأهلي العربي استمر لعدة أيام متواصلة، ولم تتمكن الفرق الطبية من الخروج من المستشفى والوصول إلى المصابين[8].
في 17 تشرين الثاني/نوفمبر 2023: استمرت قوات الاحتلال في حصار المستشفى الأهلي العربي بالدبابات لليوم الثاني على التوالي[9].
في 18 تشرين الثاني/نوفمبر 2023: الفرق الطبية التابعة لجمعية الهلال الأحمر الفلسطيني ما زالت محاصرة في المستشفى الأهلي العربي لليوم الثالث على التوالي. استمرت قوات الاحتلال في حصار وقصف المستشفى وسط إطلاق نار كثيف. ولم تتمكن الفرق الطبية من الخروج من المستشفى لإنقاذ المصابين[10].
في 22 تشرين الثاني/نوفمبر 2023: بحسب تقرير مكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية فإن المستشفى الأهلي العربي متوقف عن العمل ولا يستقبل مرضى جدداً[11].
في 24 تشرين الثاني/نوفمبر 2023: استأنف المستشفى الأهلي العربي عمله. كما قامت فرق إنقاذ طبية تابعة لجمعية الهلال الأحمر الفلسطيني وفريق من الأمم المتحدة بإجلاء ما لا يقل عن 21 مريضاً و مصاباً من المستشفى الأهلي العربي إلى خانيونس[12].
في 29 تشرين الثاني/نوفمبر 2023: تلقى المستشفى الأهلي العربي إمدادات طبية و وقود من وكالات الأمم المتحدة [13].
في 4 كانون الأول/ديسمبر 2023: قامت قوات الاحتلال بقصف محيط المستشفى الأهلي العربي ما أسفر عن ارتقاء شهداء[14].
في 14 كانون الأول/ديسمبر 2023: قصفت قوات الاحتلال محيط المستشفى الأهلي العربي ما أوقع أضراراً في مرافق المستشفى[15].
في 19 كانون الأول/ديسمبر 2023: صرحت وزارة الصحة الفلسطينية أن قوات الاحتلال قامت باقتحام المستشفى الأهلي العربي، وتدمير بوابة المستشفى الرئيسية وإعتقال عدد من الكادر الطبي والمرضى في المستشفى[16].
في 21 كانون الأول/ديسمبر 2023: بحسب تقرير مكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية استمر المستشفى الأهلي العربي في علاج المرضى الموجودين والعمل بشكل جزئي بدون استقبال مرضى جدد[17].
في 25 كانون الأول/ديسمبر 2023: قامت فرق الإنقاذ التابعة لجمعية الهلال الأحمر الفلسطيني بنقل 21 مريضاً من المستشفى الأهلي العربي إلى خانيونس[18].
في 7 شباط/فبراير 2024: استهدفت قوات الاحتلال طاقم الإسعاف التابع لجمعية الهلال الأحمر الفلسطيني بين المستشفى الأهلي العربي ومستشفى الشفاء، ما أسفر عن سقوط جرحى واستشهاد أحد المسعفين[19].
في 25 شباط/فبراير 2024: حذرت وزارة الصحة في غزة من أن المستشفيات في شمال غزة تواجه نقصاً في الوقود، بما في ذلك المستشفى الأهلي العربي. أفاد تقرير مكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية بأن المستشفى يجري 13 عملية جراحية يومياً ويعمل بطاقة تشغيل لا تتجاوز الـ 30 % بسبب نقص الوقود. أضافت وزارة الصحة أن مرضى غسيل الكلى والعناية المركزة في المستشفى معرضون لخطر الموت نتيجة نقص الإمدادات الطبية و الوقود[20].
في 8 آذار/مارس 2024: قامت اللجنة الدولية للصليب الأحمر و مكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية بإجراء تقييم للمستشفى الأهلي العربي. أفاد تقرير مكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية بتعرض مرافق المستشفى الأهلي العربي لأضرار جسيمة. ما زالت مرافق المستشفى تستقبل نازحين. كما أفاد التقرير بأنه يعمل في المستشفى حتى هذا التاريخ طبيبان جراحان فقط، و يعتمد المستشفى على المتطوعين. وبحسب التقرير، فإن سعة المستشفى الاستيعابية حتى هذا التاريخ تصل إلى 50 مريضاً، لكن عندما استهدفت قوات الاحتلال الناس أثناء انتظار المساعدات وقتلت أكتر من مئة فلسطيني، كان على المستشفى استقبال حوالي 200 مريض. وعلى الرغم من الظروف القاهرة ونقص الطعام، فإن الطاقم الطبي يتمكن من إجراء جراحات عامة وتقديم خدمات محدودة[21].
في 9 آذار/مارس 2024: قدمت منظمة الصحة العالمية إمدادات طبية إلى 150 مريضاً و13,000 لتر من الوقود إلى المستشفى الأهلي العربي[22].
في 12 نيسان/أبريل 2024: منعت قوات الاحتلال بعثتين من فرق الإغاثة من الوصول إلى المستشفى الأهلي العربي، إحداهما كانت ستوصل حوالي 24,000 لتر من الوقود لتشغيل المولدات الاحتياطية في المستشفى[23].
في 13 نيسان/أبريل 2024: تمكنت طواقم منظمة الصحة العالمية من نقل ثلاثة مرضى واثنين من المرافقين من المستشفى الأهلي إلى مستشفيات ميدانية في رفح. كما تمكنت الطواقم من إيصال 18,900 لتر من الوقود إلى المستشفى الأهلي العربي[24]. وأشار تقرير مكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية إلى أن المستشفى الأهلي العربي يعاني من نقص في الأسرة والأدوية واللوازم الطبية الأساسية[25].
في 27 أيار/مايو 2024: وصلت أول بعثة من منظمة الصحة العالمية إلى شمال غزة منذ 13 نيسان/أبريل 2024 إلى المستشفى الأهلي العربي وتمكنت من أيصال 15,000 لتر من الوقود، و14 سريراً، بالإضافة إلى معدات طبية لتلبية احتياجات 1500 مريض. كما رافقت البعثة 5 مركبات إسعاف تابعة للهلال الأحمر الفلسطيني إلى شمال قطاع غزة[26].
في 23 حزيران/يونيو 2024: وفرت منظمة الصحة العالمية الوقود والمعدات الطبية للمستشفى الأهلي العربي. وتمكنت الطواقم من نقل خمسة أطفال من المستشفى الأهلي في مدينة غزة إلى مجمع ناصر الطبي في مدينة خانيونس[27][28].
في 8 تموز/يوليو 2024: قامت الطواقم الطبية في المستشفى الأهلي العربي بإخلاء المستشفى بعد إصدار قوات الاحتلال تهديداً بإخلاء المناطق القريبة، وتعرض محيط المستشفى لإطلاق نار كثيف من طائرات إسرائيلية مسيرة[29]. وجرى نقل بعض المرضى إلى المستشفى الأندونيسي ومستشفى كمال عدوان في محافظة شمال غزة[30].
في 11 تموز/يوليو 2024: أعلن المكتب الإعلامي الحكومي في قطاع غزة أن المستشفى الأهلي العربي أستأنف عمله جزئياً[29][31].
31 آب/أغسطس 2024: استهدفت قوات الاحتلال المستشفى الأهلي العربي، وأدى الاستهداف إلى استشهاد و إصابة عدد من المواطنين[32].
في 9 آب/أغسطس 2024: قام شركاء مجموعة الصحة (Health Cluster) بتسليم المستشفى 24,000 لتر من الوقود[33].
في 11 آب/أغسطس 2024: قام شركاء مجموعة الصحة (Health Cluster) بتسليم المستشفى الأهلي العربي مستلزمات الوقاية من العدوى، ومستلزمات المياه والصرف الصحي والنظافة[33].
في 3 أيلول/سبتمبر 2024: استهدفت قوات الاحتلال محيط المستشفى الأهلي العربي[34].
