نتيجة تهجير سكان قطاع غزة من الشمال إلى الجنوب، عانى مستشفى الشهيد أبو يوسف النجار بشكل كبير جرّاء عدم قدرته على استيعاب أعداد الشهداء والجرحى الذين وصلوا إليه، بالإضافة إلى نقص المعدات الطبية والوقود. وأفاد المتحدث باسم المستشفى، طلعت برغوث، بأنه لم يعد هناك مساحة في المشرحة لحفظ الجثث، وأن الأكفان قد نفدت. كما صرح مدير المستشفى د. مروان الهمص، بأن المستشفى صغير ولا يحتوي على وحدة عناية مركزة، وأن الضغط الذي يتعرض له كبير للغاية كونه المستشفى الحكومي الوحيد في محافظة رفح[8].  

في 20 تشرين الثاني/نوفمبر 2023: قامت قوات الاحتلال الاسرائيلي بقصف مبنيين سكنيين قرب مستشفى الشهيد أبو يوسف النجار في رفح جنوب قطاع غزة، ما أسفر عن استشهاد 17 فلسطينياً وإصابة 15 آخرين[9].  

في 12 كانون الأول/ديسمبر 2023: أعلن مدير المستشفى في رفح أن الإسهال والإنفلونزا ينتشران بين النازحين داخل رفح، بما في ذلك تسجيل 1500 حالة من الأمراض المعوية يومياً بسبب نقص الغذاء[10].  

في 25 كانون الأول/ديسمبر 2023: أعلن مدير المستشفى أن أعداداً كبيرة من النازحين أصيبوا بالجدري، والأمراض الجلدية، والإنفلونزا، والإسهال[11].  

في 1 شباط/فبراير 2024: أعلن مستشفى الشهيد أبو يوسف النجار نقل خدمة طب الأطفال (أقسام المبيت والطوارئ) إلى مركز العودة الصحي في السوق المركزي في رفح[12].  

في 3 شباط/فبراير 2024: استشهد 11 فلسطينياً وأصيب 27 آخرون، بعد أن قُصف مبنى سكني قرب مستشفى الشهيد أبو يوسف النجار[13].  

في 12 شباط/ فبراير 2024: نقلت قناة الكوفية تصريحاً لمدير المستشفى بأن عدد المرضى والمصابين داخل المستشفى تجاوز ستة أضعاف طاقته الاستيعابية[14].  

في 11 آذار / مارس 2024: قامت منظمة الصحة العالمية و جمعية الهلال الأحمر الفلسطيني بإجلاء 96 مريضاً في حالة حرجة من مستشفى الشهيد أبو يوسف النجار إلى مستشفى رفح الميداني للعناية المكثفة[15].

في 3 نيسان / أبريل 2024: نقلت وسائل إعلامية محلية أن طيران كوادكوبتر يحلق في أجواء مستشفى الشهيد أبو يوسف النجار، وأطلقت المقاومة النار عليها[16]. 

في 7 أيار/مايو 2024: أجبرت قوات الاحتلال المرضى والطاقم الطبي على إخلاء المستشفى و أخرجته عن الخدمة[17].

في 22 أيار/مايو 2024: صرحت منظمة الصحة العالمية بأن مستشفى الشهيد أبو يوسف النجار ما زال خارج الخدمة[18]. 

في 24 أيار/مايو 2024: استهدفت قوات الاحتلال بالسلاح المدفعي محيط مستشفى الشهيد أبو يوسف النجار [19]. 

في27 أيار/مايو 2024: نقلت وسائل إعلامية محلية أن آليات قوات الاحتلال تمركزت شمال مستشفى أبو يوسف النجار[20]. 

في 1 حزيران/يونيو 2024: أفاد مدير مستشفى أبو يوسف النجار بأن قوات الاحتلال أخرجت جميع المستشفيات في مدينة رفح عن الخدمة، وأن قوات الاحتلال تستهدف المستشفيات الميدانية المتبقية[21].

في 3 حزيران/يونيو 2024: انتشلت الطواقم الطبية جثامين 4 شهداء متحللين من محيط مستشفى أبو يوسف النجار[22][23].

في 10 حزيران/يونيو 2024: صرّح مدير المستشفى بأن مياه الصرف الصحي قد أحاطت مبنى المستشفى من كل الاتجاهات[24].

في 17 آب/أغسطس 2024: حذّر مدير مستشفى أبو يوسف النجار، في مداخلة عبر قناة الميادين، من انتقال عدوى شلل الأطفال إلى دول المنطقة، من بينها مصر والأردن ولبنان، في حال استمرار حرب الإبادة، معلناً القطاع "منطقة وباء"[25].