اعتُقل الطبيب حسام أبو صفية يوم 27 ديسمبر 2024 من مستشفى كمال عدوان شمال غزة، برفقة العديد من الأطباء والعاملين والمواطنين. نقلته سلطات الاحتلال إلى سجن سديه تيمان، حيث احتُجز هناك حتى 22 يناير 2025، قبل أن يتم نقله إلى سجن عوفر.

مُنع من لقاء محاميه طوال 47يومًا، حيث جددت سلطات الاحتلال أمر منعه من التواصل مع محامٍ ثلاث مرات متتالية حتى 7 فبراير 2025.

تمكن محامي المركز من زيارته للمرة الأولى يوم 11 فبراير 2025 في سجن عوفر، حيث أفاد الطبيب أبو صفية أنه تعرض لانتهاكات جسدية ونفسية قاسية منذ لحظة اعتقاله. عند نقله من قطاع غزة، أُجبر على خلع ملابسه، وقُيدت يداه وجلس على حصى مدببة لمدة خمس ساعات تقريبًا، بينما تعرض للضرب بالعصا الكهربائية والضرب المباشر على صدره. كما أُبقي في العزل الانفرادي داخل الزنازين لمدة 25 يومًا، من بينها 10 أيام تحت تحقيق شبه متواصل، مما أدى إلى إصابته بالإغماء بسبب شعوره بالاختناق داخل الزنزانة.

بالإضافة إلى المعاملة القاسية، انخفض وزنه من 96 كغ إلى 84 كغ خلال فترة الاعتقال، ويعاني من تضخم في عضلة القلب دون أي متابعة طبية، حيث لم يُعرض على طبيب مختص رغم مطالبه المتكررة للعلاج.

أصدرت سلطات الاحتلال أمراً بتحويل صفة اعتقاله إلى "مقاتل غير شرعي" بتاريخ 12 شباط/فبراير والذي يعطي جيش الاحتلال صلاحيات إضافية لتمديد اعتقاله ومنعه من زيارات المحامين والرقابة القانونية على اعتقاله.