استُشهد مصطفى خفاجة في 30 آذار/مارس 2025، خلال مجزرة ارتكبها الجيش الإسرائيلي في مدينة رفح، أثناء تأديته لواجبه الإنساني إلى جانب سبعة من زملائه من طواقم جمعية الهلال الأحمر الفلسطيني. كانوا في طريقهم لتقديم الإسعافات لجرحى سقطوا في قصف سابق استهدف منطقة الحشاشين.

وبحسب شهادة المسعف الناجي منذر عابد، فإن سيارة الإسعاف التي كان يقودها مصطفى كانت الأولى التي وصلت إلى الموقع، وكانت أيضاً أول من تم استهدافه بشكل مباشر. وأوضح منذر أن السيارة كانت مضاءة بالكامل من الداخل والخارج، ومزوّدة بشارات الهلال الأحمر الواضحة، فيما كان بوق الإسعاف يعمل لحظة الاستهداف. وعند بدء إطلاق النار، كان منذر في القسم الخلفي من السيارة، فانبطح أرضاً، وسمع شهقات زملائه أثناء استشهادهم. وبعد توقف إطلاق النار، تم إخراجه من السيارة.