في عام 2010 قامت إدارة مستشفى بيت حانون باستحداث قسم الميكروبيولوجي بعد إتمام كل التجهيزات الإنشائية والأدوات المطلوبة[3]، من أجهزة ومواد مخبرية، وفي عام 2012 افتُتح قسم الاستقبال والطوارئ في المستشفى[4]. 

في عام 2016 أعادت وزارة الصحة الفلسطينية – رام الله، وبالشراكة مع الصليب الأحمر الدولي، تأهيل مستشفى بيت حانون[5].
خلال عدوان صيف 2014، استهدفت الطائرات الإسرائيلية الطبقة الثانية من مستشفى بيت حانون الحكومي التي تضم مبنى استقبال الأطفال[6]، والطبقة الثالثة التي تحتوي على المكاتب الإدارية. وفي استهداف لاحق خلال العدوان استهدفت المدفعية الإسرائيلية المستشفى بسبع قذائف مباشرة ألحقت أضراراً بالغة في أقسام الاستقبال والعمليات والطوارئ والمختبرات[7]، ما أدى إلى توقف المستشفى عن العمل بشكل كامل وخروجه عن الخدمة خلال الاجتياح البري في حينها. وبعد حوالي أسبوعين بذلت الطواقم الطبية جهودها لإعادة تشغيل المستشفى[8]. وقد استهدفت طائرات الاحتلال المستشفى في العدوان ذاته، إذ شنت غارة على ثلاث سيارات إسعاف موقعة إصابات في صفوف الطواقم الطبية فيها[9]، بينهم اثنان أصيبا بجروح خطرة[10].

وفي كانون الثاني/ يناير 2018، أعلنت وزارة الصحة الفلسطينية – غزة توقف الخدمات الصحية في مستشفى بيت حانون بسبب نفاد الوقود جراء سياسات الحصار والإغلاق. وفي عام 2019 أيضاً توقف المستشفى عن تقديم الخدمات للسبب ذاته[11]، كما توقف عن إجراء العمليات المجَدوَلة في حينه.

وخلال عدوان أيار/ مايو 2021، تعرّض محيط المستشفى للاستهداف والقصف بواسطة المدفعية الإسرائيلية، ما أدى إلى إحداث أضرار فيه[12].