في 6 تشرين الثاني/نوفمبر 2023: صرح مدير عام مستشفى شهداء الأقصى د. إياد أبو زاهر بأن تهجير سكان شمال القطاع أدى إلى زيادة عدد المرضى والمصابين، ليصل إلى ما بين 650 و750 ألف شخص، وزادت السعة السريرية في المستشفى بنسبة 1000%. وأشار إلى أن المساعدات الواردة من معبر رفح لا تكفي احتياجات المستشفى.  

كما أفاد د. أبو زاهر بوجود إصابات غريبة ومعقدة، إذ وصل الأطفال من دون علامات للشظايا، وقد تهتكت وذابت جميع أنسجة البطن والأعضاء الداخلية.

يضيف أن قسم غسل الكلى في مستشفى شهداء الأقصى تعرض لانقطاع المياه العذبة بسبب استهلاكها وتعبئتها من قبل السكان نتيجة قطعها من قبل الاحتلال. كما كانت هناك مشكلة في قدرة حضانات الأطفال الخدج على استيعاب الأطفال، ما دفع الطاقم الطبي إلى وضع أكثر من طفل في كل حضانة، واستخدام حليب مصنوع من مياه غير صالحة للشرب[2].

وأعلن مدير المستشفى إغلاق قسم النساء والولادة ونقله إلى مستشفى العودة في النصيرات في محاولة لاستيعاب أكبر قدر من الجرحى[2].

6 كانون الأول/ديسمبر 2023: أفادت منظمة أطباء بلا حدود تجاوز عدد الشهداء الذين وصلوا إلى مستشفى شهداء الأقصى عدد الجرحى[16].

في 10 كانون الأول/ديسمبر 2023: قوات الاحتلال الإسرائيلي تستهدف محيط مستشفى شهداء الأقصى بالأحزمة النارية[17][18].  

في 6  كانون الثاني/يناير 2024: بحسب تقارير منظمة أطباء بلا حدود، فقد قامت طواقمها الطبية بإخلاء مستشفى شهداء الأقصى بعد أوامر قوات الاحتلال بالإخلاء في ظل استمرار وتيرة القصف العنيف[19].

في 7 كانون الثاني/يناير 2024: أعلنت وزارة الصحة/غزة أن قوات الاحتلال الإسرائيلي استخدمت المسيّرات وأطلقت النيران بكثافة نحو أقسام وساحات مستشفى شهداء الأقصى، مستهدفة كل من يتحرك داخل المستشفى[20].  

في 10 كانون الثاني/ يناير 2024: استهدفت غارة إسرائيلية مستشفى شهداء الأقصى، ما أسفر عن التدمير الكامل لبوابة المستشفى وأحد المباني المجاورة له، وتضرر قسم الاستقبال. كما أسفر القصف عن استشهاد ما يزيد على 40 شخصاً، بينهم الصحافي أحمد بدير، وإصابة العشرات[21][22].  

في 12 كانون الثاني/يناير 2024: صرح المكتب الإعلامي الحكومي بانقطاع التيار الكهربائي عن المستشفى[23].

في 13كانون الثاني/يناير 2024: قصف عنيف ومتواصل على محيط مستشفى شهداء الأقصى، وقد سقطت قذائف مدفعية قربه[24].  

في 4 شباط/فبراير 2024: نزوح الكادر الطبي وتضاؤل الطاقم في المستشفى من 450 شخصاً إلى 100 طبيب فقط[25].  

في 7 شباط / فبراير 2024: عودة المستشفى إلى العمل بعد إيقافه بتاريخ 6 كانون الثاني/يناير. قدم الكادر الطبي في المستشفى خدمات جراحة العظام، والجراحة الترميمية، والعناية بالجروح، والعلاج الطبيعي، والدعم النفسي[26]. 

في 10 شباط/ فبراير 2024: قدم صندوق الأمم المتحدة، ومنظمة الصحة العالمية، ومكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية، الأدوية والإمدادات الطبية لمستشفى شهداء الأقصى[27].

في 14 شباط/ فبراير 2024: بحسب تقرير مكتب الأمم المتحدة لتنسيق الشؤون الإنسانية، تم التبليغ عن استشهاد 6 فلسطينيين وإصابة 18 آخرين جرّاء استهداف أرض بجوار مستشفى شهداء الأقصى. وبحسب تقرير المكتب عانى المستشفى من نقص في المواد والإمدادات[27][28]. 

في 6 آذار/مارس 2024: صرح المتحدث باسم مستشفى شهداء الأقصى الدكتور خليل الدقران أن هناك نقصاً حاداً في المستلزمات الطبية[29].

في 13 آذار/مارس 2024: قدمت منظمة الصحة العالمية الأدوية والإمدادات الطبية  لـ 80,000 مريض وجريح في مستشفى شهداء الأقصى. وقامت المنظمة بتقييم السعة السريرية في المستشفى وأوضاع الماء والنظافة والصرف الصحي فيه[30]. 

في 14 آذار/مارس 2024: صرح مدير عام منظمة الصحة العالمية بوجود 140 عاملاً في القطاع الصحي، 70% منهم متطوعون يخدمون 650 مريضاً في المستشفى بالإضافة إلى نحو 250 مريضاً تتم معالجتهم في غرفة الطوارئ يومياً. وبالإضافة إلى احتياجات الخدمة الصحية، يعاني مستشفى شهداء الأقصى من مشكلات في المياه، والصرف الصحي، والنظافة. كما أفاد تقرير المنظمة بوجود 7000 شخص نازح داخله[31].

في 20 آذار/مارس 2024: شهيدان بفعل نفاد الأكسجين وتوقف مولدات الكهرباء في مستشفى شهداء الأقصى[32].

في 31 آذار/ مارس 2024: استهدف الطيران الحربي إحدى الخيام داخل مستشفى شهداء الأقصى وأطلق النار على المستشفى، ما أسفر عن سقوط 4 شهداء و17 مصاباً[33][34]. 

في 19 نيسان/أبريل 2024: صرحت ممثلة صندوق الأمم المتحدة للإسكان بأن خدمات النساء والولادة توقفت في مستشفى شهداء الأقصى[35]. 

في 7 أيار/مايو 2024: تناقلت وسائل إعلامية محلية أنباءً عن تحليق طائرة كوادكوبتر فوق مستشفى شهداء الأقصى[36].

في 10 أيار/مايو 2024: نقل المركز الفلسطيني للإعلام إعلان إدارة مستشفى شهداء الأقصى أن خزان الوقود في المستشفى أوشك على النفاد[37]. 

في 23 أيار/مايو 2024: انقطاع التيار الكهربائي في مستشفى شهداء الأقصى في إثر نفاد الوقود[38][39]. 

في 24 أيار/مايو 2024: أعلنت إدارة مستشفى شهداء الأقصى توريد 15 ألف لتر من الوقود، وهي كمية تكفي لثلاثة أيام فقط، وإعادة تشغيل المولدات الكهربائية في المستشفى[40].  

في 26 أيار/مايو 2024: منعت قوات الاحتلال توريد الوقود إلى مستشفى شهداء الأقصى، وحذرت إدارة المستشفى من توقف تقديم الخدمات الصحية خلال ساعات[41].  

في 1 حزيران/يونيو 2024: نقلت شبكة الجزيرة الإعلامية خبر استشهاد الطفل عبد القادر السرحي في مستشفى شهداء الأقصى بسبب سوء التغذية[42].  

في 4 حزيران/يونيو 2024: نقل المركز الفلسطيني للإعلام عن الصحفي وائل الحلبي خبر وجود طائرات كوادكوبتر تحلق وتحمل أجساماً مشبوهة في سماء مستشفى شهداء الأقصى[43].  

في 5 حزيران/يونيو 2024: نقلت وزارة الصحة الفلسطينية/غزة عبر تلغرام بياناً صحفياً صادراً عن مستشفى شهداء الأقصى ينذر بوقوع كارثة إنسانية جراء توقف أحد مولدات الكهرباء عن العمل، وأعلنت إدارة المستشفى أن المستشفى يضم أكثر من 700 جريح ومريض ويخدم أكثر من مليون إنسان في منطقة محافظة الوسطى في قطاع غزة[44].  

في 8 حزيران/يونيو 2024: استهدفت قوات الاحتلال محيط مستشفى شهداء الأقصى بالطيران بالحربي وسط غطاء ناري جوي وبري مكثف على عدة مناطق في محافظة الوسطى، ووصلت أعداد كبيرة من الجرحى والشهداء إلى المستشفى.

أعلن المكتب الإعلامي الحكومي في غزة أن عدد شهداء مجازر الاحتلال في مخيم النصيرات وصل إلى 210 شهداء، وأن هناك أكثر من 400 مصاب حتى هذا التاريخ وصلوا إلى مستشفى العودة النصيرات ومستشفى شهداء الأقصى.  

إخلاء مستشفى شهداء الأقصى بعد تهديد قوات الاحتلال بقصفه بشكل مباشر[45][46].  

في 10 حزيران/يونيو 2024: صرحت وزارة الصحة الفلسطينية/غزة بأن أحد المولدَّين الرئيسيَّين في المستشفى قد تعطّل، وأن المستشفى يعاني عجزاً في الطاقة الكهربائية[47].  

في 17 حزيران/يونيو 2024: صرح نائب مدير عام مستشفى شهداء الأقصى الدكتور إياد الجعبري بأن المستشفى يكتظ بأربعة أضعاف طاقته الاستيعابية، ويعاني من شح في المستلزمات الطبية[48]. 

في 10 تموز/يوليو 2024: ناشد مدير مستشفى شهداء الأقصى إياد أبو زاهر المجتمع الدولي ومنظمة الصحة العالمية حماية الطاقم الطبي، مشيراً إلى أن المستشفى أصبح على شفير الانهيار[49].  

في 22 تموز/يوليو 2024: استهدفت طائرات الاستطلاع الاسرائيلية خيمة كان يعمل فيها صحفيون في ساحة مستشفى شهداء الأقصى[50].

في 27 تموز/يوليو 2024: استهدفت قوات الاحتلال وحدة طبية ميدانية تابعة لمستشفى شهداء الأقصى في محيطه، مما أسفر عن استشهاد 30 فلسطينياً وإصابة أكثر من 100 آخرين[51][52].

في 29 تموز/يوليو 2024: أشار تقرير منظمة أطباء بلا حدود أن مستشفى شهداء الأقصى يعمل فوق طاقته الإستيعابة بحوالي ثلاثة أضعاف، حيث يستقبل المستشفى 550-600 مريض ومصاب في حين كانت طاقته الاستعيابية قبل حرب الإبادة 220 سريراً[53]. 

في 4 آب/أغسطس 2024: استهدف طيران الاحتلال خيام النازحين في محيط مستشفى شهداء الأقصى، راح ضحية الاستهداف 5 شهداء و أكثر من 18 إصابة[54].

في 8 آب/ أغسطس 2024: أعلن مدير المكتب الإعلامي الحكومي في غزة أن مستشفى شهداء الأقصى هو المستشفى الحكومي الوحيد الذي بات يقدم الخدمات[55].  

في 21 آب/ أغسطس 2024: حذرت وزارة الصحة الفلسطينية/غزة من اقتراب عمليات قوات الاحتلال العسكرية من محيط مستشفى شهداء الأقصى، ودعت المؤسسات الدولية إلى اتخاذ الإجراءات اللازمة لحماية المستشفى[56]. 

في 25 آب/ أغسطس 2024: صرحت وزارة الصحة الفلسطينية/غزة بأن قوات الاحتلال أعلنت محيط مستشفى شهداء الأقصى منطقة عمليات عسكرية، ما دفع عدداً كبيراً من المرضى إلى إخلاء المستشفى، ولا يزال هناك 100 مريض في المستشفى. وأكدت الوزارة تمسك الطواقم الصحية بتقديم الخدمة للمرضى الموجودين في المستشفى[57]. 

في 26 آب/ أغسطس 2024: أصدر جيش الاحتلال أوامره بإخلاء المنطقة التي يقع فيها مستشفى شهداء الأقصى، وبقي في المستشفى 100 مريض، 8 منهم في غرف العناية المركزة و8 أطفال خدج في قسم الحضانة[58]. 

في 1 أيلول/سبتمبر 2024: وصول وفد منظمة الصحة العالمية لمستشفى شهداء الأقصى لتنفيذ خطة التطعيم ضد مرض شلل الأطفال[59]. 

في 2 أيلول/سبتمبر 2024: شن طيران الاحتلال غارة على محيط مستشفى شهداء الأقصى[60]. 

في 5 أيلول/سبتمبر 2024: استهدفت طائرات الاحتلال خيام النازحين في مستشفى شهداء الأقصى[61].