في 7 تشرين الأول/ أكتوبر 2023، استهدفت طائرات الاحتلال مجمع ناصر الطبي بعد استهداف سيارة إسعاف كانت بالقرب منه، ما أدى إلى حدوث أضرار بالغة وتحطم كل زجاج شبابيك مبنى إدارة المجمع. 

في 13 كانون الثاني/ يناير 2024: استهدفت قوات الاحتلال محيط مجمع ناصر الطبي بقصف مكثف وعنيف من المدفعية الإسرائيلية. 

كثفت قوات الاحتلال قصف محيط مجمع ناصر الطبي وازدادت وتيرة إطلاق النار، وقطعت آليات الاحتلال الطريق المؤدي إلى مستشفى ناصر.

أعلنت وزارة الصحة أنه تم دفن نحو 40 شهيداً في ساحة المجمع، وأشارت إلى صعوبة وتأخر وصول المصابين إلى المجمع، بالإضافة إلى وجود صعوبة بالغة في علاج عشرات الحالات الخطرة التي فاقت القدرة الاستيعابية لغرف العمليات والعناية المركزة.

 أعلنت وزارة الصحة أن تم دفن حوالي 40 شهيد في ساحة المجمع بعد حصاره من قبل الدبابات الاسرائيلية، إضافة إلى صعوبة وتأخر وصول الاصابات إلى المجمع، ووجود صعوبة بالغة في علاج عشرات الحالات الخطيرة التي فاقت القدرة الاستيعابية لغرف العمليات والعناية المركزة.

هدمت قوات الاحتلال السور الشمالي للمجمع، وأبلغت إدارة المجمع بإخلائه من النازحين والمرضى والطواقم الطبية كما جرى إطلاق النار على كل من كان يحاول الخروج والإخلاء عند بوابة المستشفى، وجرى استهداف مدارس محيطة بالمجمع، ما أدى إلى اشتعال النار فيها وانتقالها إلى مخزن الأجهزة الطبية واحتراقه بالكامل، وأيضاً إلى مخزن المهمات الطبية واحتراقه بنسبة 80%. ولم تستطع إدارة المجمع نقل الشهداء والموتى من المرضى إلى ثلاجة الموتى بسبب الخطر الشديد في ظل استمرار الحصار الإسرائيلي بشكل مطبق على المجمع حتى هذه اللحظة. وقامت قوات الاحتلال باستهداف المواطنين داخل المجمع بسلاح القناصة، ما أسفر عن استشهاد ثلاثة أشخاص وإصابة 10 آخرين، كما توقفت مولدات الكهرباء في المجمع، ما أدى إلى استشهاد طفل.

أجبرت قوات الاحتلال آلاف النازحين والمرضى على الخروج من مجمع ناصر الطبي تحت تهديد السلاح وكثافة النيران. فقد بقي نحو 190 من كوادر المجمع و299 من أفراد عائلاتهم في داخله، بالإضافة إلى 273 مريضاً لا يستطيعون الحركة و327 مرافقاً لهم. كما قامت قوات الاحتلال بقصف الطابق الثالث من المستشفى، ما أسفر عن إصابة طبيب. وقصفت قوات الاحتلال قسم العظام، ما أسفر عن استشهاد مريض وسقوط عدة إصابات. ومنعت قوات الاحتلال بعثتين من الوصول، وفقد طاقم منظمة الصحة العالمية تواصله بموظفي مجمع ناصر الطبي. وقامت قوات الاحتلال بإرسال معتقل فلسطيني مكبل اليدين لإيصال تهديد قوات الاحتلال إلى النازحين بإخلاء المجمع، وبعد ذلك أطلقت النار عليه فاستشهد.

اعتقلت قوات الاحتلال عدد من الكوادر الطبية أثناء سيرها في "الممر الآمن" منهم الطبيب ناهض أبو طعيمة مدير مجمع ناصر الطبي، إضافة إلى إعتقال عدد من النازحين والمرضى.

 اقتحمت قوات الاحتلال ساحة مجمع ناصر الطبي بعد هدم السور الجنوبي، وحولته إلى ثكنة عسكرية، وجرفت ساحاته، وأطلقت النار نحو أقسامه الطبية، واستخدمت الكلاب لإرهاب النازحين والمرضى، واعتقلت عدداً من الكوادر الطبية والنازحين ممن خرجوا من المجمع .  

كما استهدفت قوات الاحتلال مقر الإسعاف وخيام النازحين، وجرفت المقابر الجماعية في المجمع الطبي. ونقلت وزارة الصحة الفلسطينية أن قوات الاحتلال أمرت إدارة المجمع بنقل كل المرضى إلى مبنى ناصر القديم داخل المجمع، فواجهوا نقصاً في الغذاء والماء وحليب الأطفال، وأجبرت الطواقم الطبية على ترك المرضى. كما تسبب القصف الإسرائيلي بأضرار في أنابيب ضخ الأكسجين، ودمرت قوات الاحتلال سيارتي إسعاف، واقتحمت مبنى الولادة وقامت بعملية تفتيش داخله.

انسحبت قوات الاحتلال من داخل مجمع ناصر الطبي، مع تمركزها في المناطق المحيطة بالمجمع، ثم عاودت اقتحام المجمع بأربع ناقلات جند في اليوم نفسه.

أعلنت قوات الاحتلال انتهاء العملية العسكرية في مجمع ناصر. ووردت تقارير عن انتشال جثامين نحو 5 شهداء بالقرب من مجمع ناصر الطبي.

اندلع حريق في قسم العيادات الخارجية في المجمع عقب استهدافه من مدفعية الاحتلال.

توغلت آليات الاحتلال مرة أُخرى في محيط مجمع ناصر الطبي مع استمرار القصف العنيف في محيطه.

توغلت آليات اقتحمت قوات الاحتلال مجمع ناصر الطبي مرة أُخرى، واعتقلت عدداً من العاملين الصحيين والنازحين. واستهدفت قوات الاحتلال الإسرائيلي محيط مجمع ناصر الطبي بالغارات الجوية، وأطلقت النار في اتجاه شبان نازحين بعد أن أمرتهم بإخلاء المجمع.

بعد استمرار عملية البحث عن القبور الجماعية لمدة 7 أيام، عقد الدفاع المدني الفلسطيني مؤتمراً صحافياً أعلن فيه اكتشاف قبور جماعية جديدة حفرتها قوات الاحتلال. كما وثّق نبش قوات الاحتلال القبور الجماعية التي اضطر الأهالي إلى حفرها في المجمع الطبي قبل اقتحامه خلال حصاره.  

وأُعلن في المؤتمر انتشال 392 جثة، تم التعرف على 165 جثة منها، ولم تتمكن الطواقم من التعرف على الجثامين الـ 227 المتبقية بسبب قيام جنود الاحتلال بتشويهها. وتم انتشال 110 جثامين أُخرى خارج أسوار المجمع الطبي وفي محيطه.  

وفي 8 أيار/مايو 2024 أعلن المكتب الإعلامي الحكومي وجود ثلاث مقابر جماعية في مجمع ناصر الطبي. 

أفادت منظمة الصحة العالمية بأنها تتعاون مع طاقم مجمع ناصر الطبي على المرحلة الأولى من إعادة تأهيل المجمع. وفي هذا التاريخ عاد إلى العمل قسم الطوارئ، وتسع غرف عمليات، ووحدة العناية المركزة، وجناح الولادة، ووحدة العناية المركزة لحديثي الولادة، وقسم العيادات الخارجية.