اقتحمت قوات الاحتلال ساحة مجمع ناصر الطبي بعد هدم السور الجنوبي، وحولته إلى ثكنة عسكرية، وجرفت ساحاته، وأطلقت النار نحو أقسامه الطبية، واستخدمت الكلاب لإرهاب النازحين والمرضى، واعتقلت عدداً من الكوادر الطبية والنازحين ممن خرجوا من المجمع .  

أجبرت قوات الاحتلال آلاف النازحين والمرضى على الخروج من مجمع ناصر الطبي تحت تهديد السلاح وكثافة النيران. فقد بقي نحو 190 من كوادر المجمع و299 من أفراد عائلاتهم في داخله، بالإضافة إلى 273 مريضاً لا يستطيعون الحركة و327 مرافقاً لهم. كما قامت قوات الاحتلال بقصف الطابق الثالث من المستشفى، ما أسفر عن إصابة طبيب. وقصفت قوات الاحتلال قسم العظام، ما أسفر عن استشهاد مريض وسقوط عدة إصابات. ومنعت قوات الاحتلال بعثتين من الوصول، وفقد طاقم منظمة الصحة العالمية تواصله بموظفي مجمع ناصر الطبي.

هدمت قوات الاحتلال السور الشمالي للمجمع، وأبلغت إدارة المجمع بإخلائه من النازحين والمرضى والطواقم الطبية كما جرى إطلاق النار على كل من كان يحاول الخروج والإخلاء عند بوابة المستشفى، وجرى استهداف مدارس محيطة بالمجمع، ما أدى إلى اشتعال النار فيها وانتقالها إلى مخزن الأجهزة الطبية واحتراقه بالكامل، وأيضاً إلى مخزن المهمات الطبية واحتراقه بنسبة 80%. ولم تستطع إدارة المجمع نقل الشهداء والموتى من المرضى إلى ثلاجة الموتى بسبب الخطر الشديد في ظل استمرار الحصار الإسرائيلي بشكل مطبق على المجمع حتى هذه اللحظة.

أعلنت وزارة الصحة أنه تم دفن نحو 40 شهيداً في ساحة المجمع، وأشارت إلى صعوبة وتأخر وصول المصابين إلى المجمع، بالإضافة إلى وجود صعوبة بالغة في علاج عشرات الحالات الخطرة التي فاقت القدرة الاستيعابية لغرف العمليات والعناية المركزة.

كثفت قوات الاحتلال قصف محيط مجمع ناصر الطبي وازدادت وتيرة إطلاق النار، وقطعت آليات الاحتلال الطريق المؤدي إلى مستشفى ناصر.

في 7 تشرين الأول/ أكتوبر 2023، استهدفت طائرات الاحتلال مجمع ناصر الطبي بعد استهداف سيارة إسعاف كانت بالقرب منه، ما أدى إلى حدوث أضرار بالغة وتحطم كل زجاج شبابيك مبنى إدارة المجمع. 

أعلن المكتب الإعلامي الحكومي في غزة اكتشاف مقبرة جماعية ثالثة في مجمع الشفاء الطبي و انتشال 49 جثة.

تم اكتشاف مقبرة جماعية جديدة و انتشال عشر جثث في مستشفى الشفاء بعد حصاره لمدة أسبوعين من قبل قوات الاحتلال. كما ذكرت مصادر وزارة الصحة الفلسطينية في غزة أنه بالإضافة إلى الجثث العشرة التي تم العثور عليها، تم اكتشاف عشرات أخرى متحللة، محترقة، مشوهة و دفنت جماعياً أو فرادى في أماكن مختلفة من مجمع الشفاء الطبي. تم انتشال ما يقرب 400 جثة شهيد منذ انتهاء الهجوم في 1 نيسان/أبريل 2024. 

بعد انسحاب قوات الاحتلال من محيط الشفاء قدر المرصد الأورومتوسطي لحقوق الإنسان أن 1500 فلسطيني قتلوا أو أصيبوا أو فقدوا, نصفهم من النساء و الأطفال جراء المذبحة الإسرائيلية في مجمع الشفاء و محيطه.

و تشير التقديرات الأولية للمرصد أن قوات الاحتلال دمرت أكثر من 1200 وحدة سكنية في محيط المجمع, و أودى بحياة 22 مريضا على الأقل بسبب حصار المجمع. 

كما قدّر عدد الشهداء في حصار مجمع الشفاء الطبي للمرة الثانية بنحو 400 شهيد. 

صرحت وزارة الصحة الفلسطينية في غزة أن قوات الاحتلال الإسرائيلي شنت هجوماً على عدة مبان و احرقت قسم الشرايين في مركز الشفاء الطبي. 

كما قام جيش الاحتلال بنسف و حرق مباني في الجهة الشمالية لمجمع الشفاء الطبي, و تجريف الأرض داخل المستشفى.